Министерство финансов и местные финансовые органы также относятся к непосредственным участникам налоговых правоотношений. В качестве последних они выступают в связи с распределением налоговых и других обязательных платежей между звеньями бюджетной системы. Распределению подлежат те налоги, которые относятся к категории регулирующих.

Ежегодно в Законе о бюджете Республики Беларусь и решениях Советов базового уровня, утверждающих местные бюджеты, указывается, какие именно и в каких соотношениях расщепляются налоги между республиканским бюджетом и бюджетами областей и города Минска, областными бюджетами и бюджетами городов районного подчинения и районами.

Местные финансовые органы по местным бюджетам и Министерство финансов по республиканскому бюджету ведут учет платежей, поступивших от республиканских и местных налогов и сборов. В процессе выполнения этих функций они обмениваются информацией с соответствующими налоговыми органами.

В налоговые правоотношения финансовые органы вступают также по поводу возврата (зачета) излишне уплаченных (взысканных) налоговых платежей. Причем в Порядке исчисления налогов и обязательных платежей в местные бюджеты, утвержденном Постановлением Минфина РБ от 15.10.01 № 104 установлено, что принятие решения о возврате или зачете излишне уплаченных (взысканных) сумм платежей в местные бюджеты относится к компетенции налоговой инспекции по платежам, контролируемым налоговыми органами, а по иным платежам — в компетенции финансового органа.